Dentro del espacio territorial designado para el cementerio municipal existen determinadas zonas asignadas para enterrar a difuntos por separado de los demás. Y es que esta práctica se llevaba desde la antigüedad en donde los ricos no eran enterrados cerca de los pobres, los no cristianos tenían un fin incierto y los suicidas y no bautizados ni siquiera eran dignos de descansar en paz dentro del camposanto. Obviamente que estas prácticas "tradicionales" han sido modificadas casi en su totalidad y ahora cualquier persona tiene el derecho a ser inhumada en este lugar sin importar religiones, estatus social u otras condiciones.
Es así como en el cementerio patrimonial podemos encontrar espacios característicos asignados para un mejor orden en su ubicación o porque bajo decisión de familiares se aceptó ubicar en un lugar designado a sus difuntos.
Tal es el caso del cementerio antiguo, el cementerio bahjai, el cementerio judío, el cementerio de niños y el muy conocido mausoleo de personajes ilustres.
Cementerio Antiguo
Bajo éstas lápidas y esculturas no hay difuntos. Sólo se conservan los vestigios encontrados de lo que fue el cementerio general en sus inicios.
Cementerio Bahjai
Ésta religión posee su propio espacio para sus fieles. Esta secta no es muy conocida en el medio pero de todas formas han ubicado su sitio de descanso dentro del cementerio.
Cementerio Judío
Hace años atrás los seguidores de la religión judía eran desplazados a un costado aparte del cementerio, lejos de los cristianos. Las tumbas que se encuentran aquí son del siglo pasado y no se han vuelto a enterrar personas en éste sitio hasta la actualidad.
Cementerio de niños
Como su nombre lo dice, en este sitio descansan los restos de infantes únicamente. Las lápidas son una característica muy especial de ésta zona por sus diseños delicados y emotivos.
El Mausoleo de Personajes Ilustres
Ya se ha mencionado antes éste lugar pero cabe recalcar que aquí descansan los restos de las figuras más representativas de la historia de la ciudad de Cuenca.
